Pemberontakan Permesta dapat terjadi karena adanya sistem pemerintahan yang sentralistik. Dalam sejarah versi resmi pemerintahan, Permesta dan PRRI diklasifikasikan sebagai sejarah hitam, Gerakan pemberontakan terhadap kedaulatan Republik Indonesia. “Dari hasil penelitian saya, baik Permesta maupun PRRI itu bukan pemberontakan, sekali lagi, bukan pemberontakan,” tegas Guru Besar Ilmu Sejarah Universitas Padjajaran Nina Herlina Lubis, dalam acara peluncuran buku Memoar Ventje Sumual, di jakarta, pekan lalu. Kesimpulan Nina berdasarkan penelitian yang mengacu pada dokumen Permesta yang tegas menyatakan bahwa Permesta tidak berniat mendirikan negara di luar Republik Indonesia. Selain ketegasan itu, Permesta pun mengangkat M Hatta dan Sultan Hamengkubuwono IX sebagai pegelola negara.
Pengamat militer Salim Said pun menyimpulkan gerakan Permesta bukanlah gerakan separatis. Menurut Salim Said, Permesta adalah gerakan yang didesain untuk mencari alternatif pemerintahan yang lebih baik. Kebutuhan akan pemerintahan yang lebih baik di picu oleh pengebaian pemerintah pusat yang berciri sentralistik atas kepentingan daerah. Selain memicu deklarasi Permesta, pengebaian pusat atas daerah pun memicu pendeklarasian PRRI.”Orde baru itu sendiri merupakan Permesta yang dilegalkan,”imbuh salim.
Pelaku sejarah yang terlibat dalam Permesta, Alwin Nurdin, menegaskan bahwa Permesta dan PRRI sesungguhnya adalah bagian dari perjuangan bangsa. “Ketidakpuasan atas pengelolaan Republik itulah yang melahirkan Permesta dan itu bukan semata pergolakan daerah,”Imbuh Arwin. Namun, dalam menyikapi kehadiran Permesta, institusi militer mengambil keputusan untuk menumpas gerakan Permesta secara militer. Adapun anggota DPR Theo Sambuaga menilai bahwa keputusan Ventje Sumual mendeklarasikan Permesta semata-mata digerakan kepedulian demi membangun bangsa. “Om Ventje lakukan itu semua demi bangsa dan negara, ia bukan seorang avonturir,”tegas Theo.
Kesimpulan Theo dibuktikan dengan keputusan Ventje Semual melepas aktivitas di dunia militer selepas penumpasan Permesta oleh pihak Republik. Pasca Permesta, Ventje Semual sepenuhnya beraktivitas di bidang ekonomi. Terlepas dari situasi tersebut, anggota DPD AM Fatwa menambahkan pemerintahan di era reformasi saat ini malah menerapkan gagasan-gagasan pendeklarasian Permesta. Fatwa menyebutkan bahwa otonomi daerah, perimbangan keuangan atara daerah dan pusat serta instuisi DPD adalah gagasan-gagasan Permesta.
