Pemerintahan Sipil – Status pegawai dan pemerintahan sipil masa Hindia Belanda tetap diakui kedudukannya asal memiliki kesetiaan terhadap Jepang. Status badan pemerintahan dan UU di masa Belanda tetap diakui sah untuk sementara, asal tidak bertentangan dengan aturan kesetiaan tentara Jepang.
Kebijakan pemerintah militer Jepang di bidang politik dan birokrasi dampak yang dirasakan bangsa Indonesia antara lain terjadinya perubahan struktur pemerintahan dari sipil ke militer, terjadi mobilitas sosial vertikal (pergerakan sosial ke atas dalam birokrasi) dalam masyarakat Indonesia., bangsa Indonesia mendapat pelajaran berharga sebagai jawaban cara mengatur pemerintahan, karena adanya kesempatan yang diberikan pemerintah Jepang untuk menduduki jabatan penting seperti Gubernur, dan wakil Gubernur, Residen, Kepala Polisi.
Pemerintahan Sipil Jepang di Indonesia
Untuk mendukung kelancaran pemerintahan pendudukan Jepang yang bersifat militer, Jepang juga mengembangkan pemerintahan sipil. Pada bulan Agustus 1942, pemerintahan militer berusaha meningkatkan sistem pemerintahan, antara lain dengan mengeluarkan UU No. 27 tentang aturan pemerintahan daerah dan dimantapkan dengan UU No. 28 tentang pemerintahan shu serta tokubetsushi.
Dengan UU tersebut, pemerintahan akan dilengkapi dengan pemerintahan sipil. Menurut UU No. 28 ini, pemerintahan daerah yang tertinggi adalah shu (karesidenan). Seluruh Pulau Jawa dan Madura, kecuali Kochi Yogyakarta dan Kochi Surakarta, dibagi menjadi daerah-daerah shu (karesidenan), shi (kotapraja), ken (kabupaten), gun (kawedanan), son (kecamatan), dan ku (desa/kelurahan).
Seluruh Pulau Jawa dan Madura dibagi menjadi 17 shu. Pemerintahan shu itu dipimpin oleh seorang shucokan. Shucokan memiliki kekuasaan seperti gubernur pada zaman Hindia Belanda meliputi kekuasaan legislatif dan eksekutif. Dalam menjalankan pemerintahan shucokan dibantu oleh Cokan Kanbo (Majelis Permusyawaratan Shu). Setiap Cokan Kanbo ini memiliki tiga bu (bagian), yakni Naiseibu (bagian pemerintahan umum), Kaisaibu (bagian ekonomi), dan Keisatsubu (bagian kepolisian).
Pemerintahan pendudukan Jepang juga dapat membentuk sebuah kota yang dianggap memiliki posisi sangat penting, sehingga menjadi daerah semacam daerah swatantra (otonomi). Daerah ini disebut Tokubetsushi (kota istimewa), yang posisi dan kewenangannya seperti shu yang berada langsung di bawah pengawasan gunseikan. Sebagai contoh Kota Batavia, sebagai Batavia Tokubersushi dibawah pimpinan Tokubetu Shico.